1、感染：结石合并的感染，在结石排出或取出前，是很不容易治好的。此种感染会出现肾盂肾炎、肾积脓、肾周围炎及肾周围脓肿和膀胱炎等。值得人们警惕的是感染可加速结石的增长和肾实质的损害。
2、尿路梗阻：通常可导致梗阻以上部位积水，如下输尿管结石可造成中、上输尿管及肾盂积水。结石的梗阻通常是不完全性梗阻，如果双侧输尿管或尿道梗阻则会出现尿闭，严重者可发展为尿毒症。
3、局部损伤：若小结石活动度大，局部损伤较轻。大而固定的结石，可导致肾盏、肾盂上皮细胞出现脱落，出现溃疡还可出现纤维组织增生，以致间质纤维化。移行上皮如果长期受到结石刺激后，可出现鳞状上皮变性，多年后右引起鳞状上皮癌。结石通常会损伤血管，引起血尿。