鉴别诊断主要解决下述问题。
1.是否神经源性关节病 根据NA的临床基本特征，特别是出现关节病变前先有神经系统原发病变，临床诊断NA并不困难。但在临床中仍有20%左右NA在出现关节改变时尚无原发性神经病的症状及体征。故在诊断时需要与风湿、类风湿、代谢、内分泌、血液、肿瘤及感染等有关关节病进行鉴别。这就需要调查引起关节病的病因、发病方式、好发部位和关节病变的特征。NA一般均能查到神经性原发病，关节病变与神经病变症状体征部位一致，其他关节病也有相应的发病原因。NA多为无痛性，而且常有关节畸形，关节破坏明显，但相对关节功能障碍较轻;其他关节病则一般都有疼痛、关节畸形，破坏程度与关节功能障碍相一致。此外NA有明显的放射学特点，可分萎缩型、增生型及萎缩与增生混合型，根据这些不同特点可与其他关节病鉴别。
2.何种神经源性关节病 诊断NA病后，还必须进一步明确什么性质的神经病所致的关节病。这要进一步调查不同神经病的病因、病理及临床特点来确定属那一种神经病。如脊髓痨，有明确的梅毒感染史，病变主要侵犯腰骶部脊髓后根和后索，下肢闪电样疼痛和进行性感觉性共济失调，血清和脑脊液康华化反应阳性。脊髓空洞症是脊髓慢性变性、软化及空洞形成，主要侵犯颈、胸髓后角或中央管附近，表现为节段性痛温觉缺失，触觉存在，即所谓感觉分离，有时可见局部肌萎缩，核磁共振(MRI)检查可发现脊髓实质长形空洞病灶。糖尿病性神经病，除有感觉和运动神经障碍外，可有糖尿病史、血糖升高、尿糖阳性等。