一旦确诊后，应及时进行手术治疗，以免引起邻近牙的继续移位和造成咬合紊乱。一般从口内进行手术，如伴有感染须先用抗生素或其他抗菌药物控制炎症后再作手术治疗。术前应作X线摄片，以明确囊肿的范围及邻近组织关系。
囊肿仍以手术摘除为主，对下颌角、升支处或较大的囊肿，应采用口外切口。以充分暴露术野，尽量在直视下彻底刮除囊肿，对疑有不彻底处，可去除部分骨质，并辅以苯酚(石炭酸)、硝酸银等腐蚀剂涂抹骨腔创面，或加液氮、电烧灼等局部处理以消除子囊，防止复发。对病变范围大，穿破颌骨并波及软组织，或囊肿已造成病理性骨折;以及多次行囊肿刮除术后复发者，应视其范围大小连同病变组织作颌骨节段切除或一侧下颌骨截除术，同时植骨修复缺损。
对上颌骨囊肿范围较广，累及上颌窦，而上颌窦本身有炎症者;或手术时与上颌窦穿通者，均应同时行上颌窦根治术，将囊壁与上颌窦黏膜同时刮除。严密缝合口内切口，骨腔内填塞碘仿纱条，并从下鼻道开窗引出，3～5天后逐步抽除碘纱条。
较大囊肿刮除后的骨腔可待其自行愈合，也可考虑用羟基磷灰石颗粒填塞，或采用自体碎骨(多取自髂骨)，或联合应用碎骨+羟基磷灰石颗粒+胶原蛋白充填骨腔，以消除死腔及促进骨愈合。
对病变范围较大，已引起颌骨畸形但未穿破骨质的囊肿或青少年、儿童患者，可先采用口内开窗引流减压术待囊肿缩小、变浅后再行根治性刮除术。开窗时应同时切除部分囊壁送病理检查以证实。将开窗处黏膜内卷入囊腔，与囊壁组织相互缝合，建立囊腔与口腔的通道，并在此填入碘仿纱条，以保证日后引流通畅，碘仿可在术后3～5天逐渐抽出。但此法疗程较长，且应注意勿使引流口阻塞，需定期到医院复诊，对于外地病人不方便。