手术前详尽作裂隙灯检查，精确标志或记录有松针样血管翳或霜染样上皮的范围;用荧光素或虎红作角结膜上皮染色，癌变和角化不全的角结膜上皮区有弥漫的或细微的着色，而正常的上皮不会被染色。切除范围可在上述边界以远2mm，足以囊括肿瘤组织而又可最大限度地保留正常的角结膜组织，使视功能损害尽可能减少。肿瘤范围2全周的病例，不一定在肿瘤切除的基础上再做角结膜移植，而只需在肿瘤切除同时联合羊膜贴敷(amniotic membrane patchingAMP)一期完成手术。只要瞳孔区不受侵犯，术后视力可接近于术前。如果肿瘤范围>1/2全周，尽管肿瘤侵犯较为浅表，但考虑到角膜缘切除范围太大，单靠剩余的角膜缘干细胞通过代偿性分裂增殖恐难使角膜缘干细胞功能获得全面康复，因而对手术切除部位实施角膜缘移植(limbal transplantation)联合羊膜贴敷仍属必要。
早期局部切除疗效可靠。切除肿瘤时，深度控制在1/4～1/3角膜厚度，将整个肿瘤连同其周围约2mm的正常组织一并切除。无需其他治疗。由于容易复发，术后应定期随访。复发者再手术仍有可能治愈。角膜广泛受累者，可行全角膜板层切除，同时行全板层角膜移植术。近年来有人局部应用0.02%的丝裂霉素点眼治疗结膜角膜上皮内瘤，4次/d，共14天。1个月后肿瘤开始消退，并伴有显著的结膜充血，4个月后只有轻度角膜混浊病灶处剩下一些大血管。随访9个月，临床未见肿瘤复发。在治疗中应高度重视丝裂霉素C局部应用的潜在的、严重的毒副作用。