本病需与虹膜炎进行鉴别。如是虹膜炎，会出现特殊的疼痛、虹膜淤血及怕光。而霍纳氏综合征不会出现这些症状。

诊断：

1、根据缩瞳、眼睑下垂及眼球内陷三大主症及临床经过即可做出诊断。

2、病灶如果存在于颈上神经节至眼球的径路上，治疗可以收到满意效果。此时给予1~2%肾上腺素，如见到散瞳，说明病变位于颈上神经节至末梢神经的径路上(末梢性霍纳氏综合征)。

3、如是中枢性霍纳氏综合征，因残存的节后神经纤维持续产生少量的去甲肾上腺素，瞳孔给予1~2%肾上腺素不发生反应。