本病常以腹痛、恶心、呕吐起病，症状因病变部位不同而异。多呈慢性经过，往往有周期性发作和自发性缓解的特点。
1.Ⅰ型
广泛性嗜酸性细胞浸润性胃肠炎(简称嗜酸性胃肠炎)。其中包括多肠性、单肠性以及局限性。
多见于30～50岁，80%有胃肠道症状。半数患者可有其他过敏性疾患，如过敏性鼻炎、哮喘等。本型主要出现上腹部痉挛疼痛，伴恶心、呕吐、腹泻等症状，发作无规律性，可与某些食物有关。黏膜受累严重者可致上消化道出血、腹泻、吸收不良、肠道蛋白损失、缺铁、体重减轻等。肌层受累明显可致幽门梗阻或肠梗阻，并出现相应的症状和体征，可被误诊为Crohn病或肿瘤。浆膜受累者可有含大量嗜酸性粒细胞的腹水或胸水发生。腹水一般为渗出性。
2.Ⅱ型
局限性嗜酸性细胞浸润性肉芽肿(简称嗜酸性肉芽肿)。其中包括局限性和类息肉性。
40～60岁多见。本型多有较长时间胃病史，起病多急，可有上腹部痉挛性疼痛伴恶心、呕吐。合并消化性溃疡者多见(多为巨大溃疡)。类息肉型者，上消化道出血可为惟一症状。病变近于幽门者可致幽门梗阻。当病变在肠道时，可因肿物形成、肠壁增厚、水肿导致功能紊乱而发生肠套叠或肠梗阻。发生在回肠部位者，发病急骤，可因右下腹痛、压痛、反跳痛或局部肌紧张而误诊为急性阑尾炎。