本病的治疗原则是去除过敏原，抑制变态反应。
一、积极寻找并排除致敏的食物
应立即停止食入导致胃肠过敏的食物或药物。没有食物和药物过敏史者，可采取序贯法逐个排除可能引起致敏的食物，诸如牛奶、蛋类、海虾、肉类以及敏感的药物。对以粘膜病变为主者排除有关致敏食物或药物后，腹痛和腹泻迅速改善。
二、肾上腺皮质激素
肾上腺皮质激素有良好的治疗效果，可使病情缓解，多数患者用药后1～2周内症状改善，复发时用药仍有效。适用于弥漫型、手术后复发和腹水为主的患者。急性期可给强的松30～40mg，每日1次，应用2周，见效后逐渐减量，维持剂量为每日5～10mg，维持2～4周。嗜酸性肉芽肿用药时间可适当延长。如果激素疗效不显著者，可加用其他免疫抑制剂，如硫唑嘌呤，每日50～150mg，服药期间应注意血象变化。
三、色甘酸二钠
色甘酸二钠(Dinatrii Cromoglycas)系肥大细胞膜稳定期，可稳定肥大细胞膜，抑制其脱颗粒反应，防止组织胺、慢反应物质和缓激肽等介质的释放从而发挥其抗过敏作用。临床上对肾上腺皮质激素治疗无效或产生了较严重的副作用者可改用本品治疗。用法：40～60mg，每日3次，疗程6周至5个月不等。
四、手术治疗
手术治疗并不能切除受浸润的部位，况且粘膜水肿给胃肠吻合造成困难，术后易于复发。因之，自从糖皮质激素使用后，嗜酸性胃肠炎已不需要手术治疗。
嗜酸性肉芽肿出现胃肠梗阻、内科治疗无效时可考虑手术治疗。根据情况，术后可应用小剂量强的松，每日2.5或5mg口服，维持一段时间。