1、皮质醇增多症：又叫库欣综合征，是由于皮质醇分泌过多引起的。主要表现是向心性肥胖，也就是肥胖主要集中在躯干部位，而四肢的脂肪相对变少。除了满月脸、水牛背、锁骨上脂肪垫等向心性肥胖的表现外，皮质醇增多症的其他症状还有皮肤紫纹、多毛等等。严重的还会有胰岛素抵抗、糖尿病、高血压和骨质疏松。这种疾病大多是由于下丘脑、垂体或肾上腺肿瘤引起的。
2、下丘脑性肥胖：由于下丘脑存在调节食欲的中枢，包括饿感中枢和饱感中枢，所以下丘脑的疾病可能影响这些中枢，从而导致多食性肥胖。引起下丘脑性肥胖的疾病可能有外伤、肿瘤、炎症或是颅内压增高对下丘脑的压迫等。下丘脑性肥胖往往伴有其他症状，如头痛、视力下降、发育迟缓、性功能减退、尿崩症、嗜睡以及行为改变等等。
3、多囊卵巢综合征：患有这种疾病的多为青年妇女，主要临床表现除了肥胖之外，还有多毛、月经稀发或闭经。患者的卵巢有许多闭锁卵泡，不能排卵。多囊卵巢综合征引起肥胖的机制还不清楚。
4、甲状腺功能减退：也可以引起体重明显增加，然而值得注意的是，大部分病人体重增加的原因是由于水肿导致的组织间积水，只有少数是真正的脂肪增多。
5、其他：肢端肥大症、假性甲状旁腺功能低减、性腺功能低减、胰岛素瘤等。然而必须强调的是，只有不到1%的肥胖是由内分泌疾病引起的。