手术治疗
手术切除：是胃肠道间质肿瘤首选且唯一可能治愈的方法，可行局部切除或行楔形切除，切缘距肿瘤边缘应超过2cm以上。GIST高危患者术后复发转移率高，可达55%～90%，80%在术后1～2年内有3/4局部复发，半数还同时出现肝转移，虽有可能再切除，但难以提高生存率，原发灶切除彻底无转移灶者5年生存率54%(50%～65%)，不能彻底切除或转移者5年总生存期<35%，不能切除者总生存期 9～12月。
药物治疗
复发/合并转移胃肠道间质肿瘤的治疗：
伊马替尼作为选择性kit/PDGFRA受体酪氨酸激酶抑制剂，应用于手术不可切除及转移性病例的治疗以及部分高度侵袭危险性病例的术后预防性化疗，使GIST的治疗发生了革命性的进步。手术切除后复发表现为：原发手术切除部位的新病变，原发病灶以外的部位出现转移灶，现存肿瘤体积的增大以及在接受伊马替尼治疗的病人病灶中出现结节性高密度影。复发或者转移的病人的手术预后与肿瘤分期，肿瘤风险评估以及首次手术后无瘤生存的时间有关，DeMatteo等在200例术后复发的病人中研究表明，完整切除复发的转移灶的病人的中位生存率是54个月，而不完整切除转移灶或者是有残余伴随病灶的中位生存率下降到5个月[7]。不能手术切除的先行伊马替尼治疗4-12个月，在达到药物最大疗效及早行手术治疗，手术后继续伊马替尼的药物治疗，手术联合靶向分子药物的综合治疗方法明显的改善了胃肠道间质肿瘤患者的预后。
伊马替尼耐药的胃肠道间质肿瘤药物治疗：
伊马替尼的耐药发生率据统计可高达63%，10-30%的胃肠道间质肿瘤表现出原发性耐药。原发性耐药的定义是用药6个月后肿瘤继续进展，这种进展往往是多灶性病变，这些耐药的GIST表达野生型的KIT或者Kit的外显子9的突变或者是PDGFRAD843V突变。继发型耐药的定义是用药6个月后再发的耐药，继发性耐药的两个可能的机制是：首先，突变稳定了KIT激酶的结构阻止了KIT与伊马替尼的结合，其次，突变干扰了伊马替尼与KIT结合，继发耐药胃肠道间质肿瘤往往表现出外显子11原发的突变，其次的突变部位是外显子12，14，17，最近的研究表明原发的外显子12K643E和外显子14T670I突变与继发耐药有关，而舒尼替尼是一种经口给药的能够抑制多种受体酪氨酸激酶活性的有效药物，舒尼替尼治疗靶点包括：VEGFR1-3，CD117，KIT，PDGFRA和PDGFRb，作用谱广，抑制VEGFR2和PDGFR-A的作用比其它药物高10-30倍，并且可以抑制对伊马替尼耐药的突变类型，目前很多临床研究结果表明舒尼替尼可以作为伊马替尼耐药的一线替代药物。
