顽固性便秘可能与其他一些消化系统或全身性疾病表现出相似的症状，从而在未经细致检查的情况下被混淆。

肠易激综合征患者也会经历便秘，伴随腹部疼痛或不适、腹胀以及排便后症状缓解等特点。与顽固性便秘不同的是，肠易激综合征还可能交替出现腹泻，且症状与心理压力紧密相关。

直肠脱垂或直肠脱垂症会引起直肠壁向下移位，可能导致排便困难、需要用力排便或有不完全排空感。尽管这与便秘症状相似，但其背后机制涉及解剖结构的改变。

结肠慢传输型便秘是便秘的一个亚型，特点是全结肠或部分结肠的传输缓慢。虽然也是便秘的一种，但在诊断时需要与因肠道狭窄、肿瘤压迫等机械性梗阻引起的便秘相鉴别。

功能性消化不良主要表现为上腹部不适、早饱、餐后饱胀感，但部分患者也可能报告排便习惯改变，如便秘或腹泻，这可能导致初始诊断时的混淆。

甲状腺功能减退后甲状腺激素水平低可能导致代谢率下降，影响肠道蠕动，引起便秘。其症状还包括疲劳、体重增加、皮肤干燥等，可能在初诊时被误认为是其他原因引起的便秘。

心理状态影响肠道功能，心理压力和抑郁情绪可减缓肠道蠕动，表现为类似便秘的症状。这类患者可能需要心理咨询和适当的心理干预。

多种药物，包括某些抗抑郁药、止痛药、钙补充剂等，都可能导致便秘作为副作用。区分是否为药物所致对治疗方向至关重要。