1.立即停用原有抗生素
对疑诊患者也要及时试停抗生素。对原发病必须使用者，可选用针对性强的窄谱抗生素。避免使用解痉剂和止泻药，防止毒素滞留于肠内。
2.对重症患者
应加强支持疗法，纠正水、电解质紊乱，补充血容量，补充血浆、白蛋白，以增强患者的抵抗力，使患者渡过危险期，为病因治疗赢得时间。
3.病因治疗
应选用针对病因有效的药物如甲硝唑、万古霉素等。
4.恢复正常菌群
可选用含嗜酸乳杆菌、双歧杆菌等药物口服，也可用灌肠来恢复患者肠道的正常菌群。
5.对药物治疗
反应不佳的多次反复的严重病例，必要时可考虑外科手术治疗。