1.非手术治疗
主要是通过胃肠减压，抗生素控制感染，待溃疡穿孔自行闭合，腹腔渗液自行吸收。非手术治疗应掌握严格的适应证：
(1)穿孔小，渗出量不多，症状轻;
(2)病人不能耐受手术或无施行手术条件者;
(3)穿孔时间已超过24～72h，临床表现不重或已有局限趋势者(可能形成脓肿)。
非手术治疗痊愈的病人应胃镜检查排除胃癌，根治幽门螺杆菌感染并治疗胃十二指肠溃疡病。
2.手术治疗
(1)单纯穿孔缝合术 适应证：①穿孔时间超出8小时，腹腔内感染及炎症水肿严重，有大量脓性渗出液;②以往无溃疡病史或有溃疡病史未经正规内科治疗，无出血、梗阻并发症;③有其他系统器质性疾病不能耐受急诊溃疡手术。
对于所有的胃十二指肠溃疡穿孔病人，需做活检或术中快速病理检查除外癌变，若为恶性病变，应行根治性手术。单纯穿孔缝合术后溃疡病仍需内科治疗，Hp感染阳性者需要抗Hp治疗。
(2)彻底性溃疡手术 适应证：①如果病人一般情况良好，穿孔在8小时内或超过8小时，腹腔污染不重;②慢性溃疡病特别是胃溃疡病人，曾行内科治疗，或治疗期间穿孔;③十二指肠溃疡穿孔修补术后再穿孔，有幽门梗阻或出血史者可行彻底性溃疡手术。
手术方法除胃大部切除术外，对十二指肠穿孔可选用穿孔缝合术加选择性迷走神经切断术或选择性迷走神经切断术加胃窦切除术。