脑蕈的治疗，对早期感染较轻颅内无继发病变者，首先清洁消毒周围头皮，再以生理盐水、双氧水及抗菌素溶液清洗脑膨出的创面，然后用无菌油纱布覆盖保护，并根据感染的情况，定时更换敷料。同时全身投予大剂量抗菌药物、适当脱水，必要时应行腰穿引流脑脊液，裨使脑蕈得以回复。对表面干燥已有表皮样化的脑蕈，如果头皮与脑膨出相邻处，连续3次细菌培养阴性，应争取及早手术整复脑蕈、修补硬脑膜及头皮缺损。
对晚期已有明显感染的脑蕈，除给予抗感染及降颅压处理之外，应使用弱消毒剂如双氧水、0.1%高锰酸钾、1%醋酸溶液、4%硼酸溶液、迨金氏溶液或2.5%硝酸银等清洗脑蕈，以便使感染创面脱腐，并刺激肉芽组织生长，待新的肉芽组织层形成后，即可行种子状植皮以消灭感染创面，然后择期整复脑蕈修复硬脑膜和头皮缺损。
对严重感染的脑蕈，同时伴有颅内继发病灶者，则应针对引起颅内压升高的病因加以处理，如脑脓肿穿刺引流、残留血肿清除、脑积水分流或异物摘除等，只有在颅内高压得到缓解之后，脑蕈始能平复，创面始有机会愈合。若在无准备的情况下轻率施行手术不但无益反而有害，往往引起感染扩散、废损加重的效果。