(1) 化脓性脑膜炎：有高热、脉快，脑膜刺激征明显，但无局限神经定位征，脑脊液白细胞和蛋白质增高，脑超声检查，脑血管造影和CT扫描均正常。
(2) 硬膜外或硬膜下积脓：常与脑脓肿合并存在，很少独立发生。脑血管造影脑表面为一无血管区，CT发现脑表面有半月形低密度影。
(3) 血栓性窦感染：细菌栓子脱落，沿静脉窦扩散所致，表现为周期性脓毒败血症,不规则寒战,弛张热、脉快，末梢血粒细胞增加，但脑脊液无改变，可借助脑超声、脑血管造影和CT扫描鉴别。
(4) 化脓性迷路炎：由化脓性中耳炎所致，症状类似小脑脓肿,但头痛较轻,呕吐，眩晕严重，眼震多呈自发水平和旋转混合型，共济失调为双侧性或不明显，无脑膜刺激征，无视乳头水肿，腰穿正常。
(5) 脑肿瘤：发病缓慢，无感染病史，仅颅内压增高，脑脊液细胞正常，经颅平片、血管造影、CT扫描不难鉴别