局部药物治疗
用药前，局部涂以1%的丁卡因行表面麻醉以减轻疼痛。
①33%~50%三氯醋酸外涂，每周1次，一般1-3次后病灶可消退。三氯醋酸毒性小，对周围正常皮肤无损害，病变修复后不形成瘢痕，可用于阴道及宫颈病变。
②1%酞丁安膏涂擦，每日3-5次，4-6周可望痊愈，刺激性小，被广泛应用。
③10%-25%足叶草脂涂于病灶，本药具有细胞毒性，能抑制细胞分裂的M期，刺激性大，注意不要涂及正常皮肤，不能用于阴道及宫颈病变，涂药后2-4小时洗去，每周1次，可连用3-4次。
④5%氟尿嘧啶软膏外用，每日1次，10~14日为1疗程，一般应用1-2个疗程。
物理或手术治疗
物理治疗有微波、激光、冷冻。微波是在疣体基底部凝固，因其为接触性治疗，可适用于任何部位尖锐湿疣。激光适用于任何部位疣及难治疗、体积大、多发疣。冷冻适用于疣体较小及病灶较局限者。巨型尖锐湿疣可用微波刀或手术切除。 3.干扰素 干扰素具有抗病毒、抗增殖及调节免疫作用。可表现为限制HPV病毒的复制;减慢病变部位中细胞的分裂速度;增强宿主对感染HPV的防御反应。常用基因工程重组干扰素(YIFN)a-2a，剂量100万u，隔日肌注1次，连续3-4周为一疗程，也可采用病灶基底部局部注射。干扰素一般不单独使用，多作为辅助用药。 对反复发作的顽固性尖锐湿疣应及时取活检排除恶变。
中医药治疗
【辨证治疗】
尖锐湿疣是由病毒引起的生殖器、肛门等部位的增生性损害，表现为丘疹样或菜花状的赘生物，具有很强的传染性，多在不洁性接触后发病。西医采用药物外涂或激光、电灼及手术切除术，部分病例易复发。中医治疗尖锐湿疣，从湿热邪毒外侵肝经辨治。以清热解毒之五味消毒饮合清热化湿、活血降浊之四妙丸加减，临床取得满意疗效。四妙丸由黄柏、苍术、牛膝、薏苡仁组成，对于激光、冷冻、涂抹药物治疗无效或反复复发这者，临床上多采取中医中药治疗。从多年的临床印证看来，中医中药对于久治不愈及反复复发者收效甚好，临床治疗湿热内蕴疾病疗效显著。
【中成药】
(1)龙胆泻肝丸，口服，每次6克，每日3次，温开水送服。
(2)抗病毒口服液，口服，每次1支(10毫升)，每日3次，温开水送服。
(3)龙胆泻肝颗粒口服，每次1～2包(4～8克)，每日2次，温开水送服。
【外治法】
用苦参汤外洗，再外撒青黛散。 鸦胆子油(鸦胆子仁1份，花生油2份浸泡半个月)点涂患处，每日1～2次。 损害较大者宜手术切除，也可采用二氧化碳激光治疗或冷冻治疗、微波治疗等。