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本病无特异性临床表现,表现可似胃炎、胃溃疡或癌肿而难于区分。通常X线检查也不能对诊断有帮助。虽然在呕吐物或者胃内容物中常能发现大量真菌,但因胃真菌病很罕见,而胃内容物中发现真菌机会却甚多,故单纯发现真菌并不能诊断为胃真菌病。