1.克罗恩病 本病可有恶心、呕吐、腹痛、腹泻，尤其当X线显示黏膜有水肿、肠壁增厚表现为回肠结肠炎者，应与克罗恩病进行鉴别。周围血嗜酸性细胞增多则提示嗜酸性胃肠炎，发热、脓血便、肠道有瘘管、狭窄的存在或肠炎性疾病的继发表现(口炎、关节炎等)则提示为克罗恩病(参见炎症性肠病)。
2.高嗜酸性粒细胞综合征 高嗜酸性粒细胞综合征除外周血嗜酸性粒细胞增高外，还伴有多系统多器官受累，如心、脑、肾、肺及皮肤，也可累及胃肠道，出现广泛的胃肠道嗜酸性粒细胞浸润，本病病程短，预后差。因此，如有明显的胃肠道以外器官受累的临床表现，应考虑本综合征。
3.放射性肠炎 直肠的慢性病变除溃疡与糜烂外，残存腺体增生，杯状细胞大而增多，可引起黏液便和血便。晚期可发生癌变，但不多见。