结肠小袋纤毛虫感染后多数人并无症状，发病者不足1/5，临床表现可分为急性和慢性两型。
1.急性型
起病急骤。腹泻明显，每天数次或十余次，严重者可达数十次之多。大便有黏液或脓血但多无阿米巴痢疾的腥臭味腹痛常见并伴有里急后重，脐周或双下腹有压痛。患者多有不规则发热、恶心呕吐、乏力及食欲减退。严重患者可导致脱水、营养不良及消瘦，偶可导致肠穿孔。本型病程较短，往往不治自愈。
2.慢性型
起病隐匿，以反复发作的腹泻为主要表现，病程可长达数月至数年并呈周期性发作，常因劳累受凉、饮酒或进食脂肪食物而诱发。大便每天数次多为糊状或水样，有黏液但脓血少见。少数患者表现为腹泻与便秘交替。患者多伴有腹胀阵发性腹痛，肠鸣音活跃，双下腹压痛等。病程长者可有消瘦、贫血、体重下降、易激动、失眠等。