1.合并症 中肠不旋转或旋转不全往往是先天性膈疝和腹壁缺损——脐膨出、腹裂的重要合并症。有报道称：30%～62%旋转不良患儿有伴发畸形，大多为消化道畸形。 1/2十二指肠闭锁病儿、1/3空回肠闭锁病人伴有肠旋转不良，原因之一是宫内肠扭转使肠系膜血供受阻，导致肠闭锁。其他畸形包括：美克尔憩室、十二指肠瓣膜或狭窄、巨结肠、肛门闭锁、食道闭锁合并食管气管瘘、先天性短肠、胆道闭锁、先天性心脏病、内脏反位、肠系膜囊肿和梨状腹综合征，有报道发现家族性肠旋转不良伴发颜面或肢体异常，提示该病可能与遗传有关。
2.本病症可发生脱水、酸中毒、感染性休克、腹膜炎、绞窄性肠梗阻，如间歇性出现症状可致营养不良、生长发育迟缓。