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治疗肠炎最重要的是补充水和电解质。通常患者只需卧床休息并饮用足量的水分(如口服补液盐溶液)即可。哺乳期的婴儿应继续哺乳。碳酸饮料、茶、运动饮品、含咖啡因的饮料及果汁并不适于补液。如果腹泻持续时间较长或有严重脱水者,有必要进行静脉补液。
由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生长,即使肠炎的致病菌已经明确,抗生素通常也不建议使用。但是,某些病原菌(如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等)感染或患者有旅行者腹泻,可使用抗生素。
对于病毒感染所致的肠炎,抗生素并无效果。
寄生虫感染所致肠炎需使用抗寄生虫药物。