临床症状主要包括上腹痛、腹胀、早饱、嗳气、厌食、烧心反酸、恶心和呕吐，病程多在2年左右，症状可反复发作，也可在相当一段时间内无症状。或发病时以某一症状为主，也可有多个症状的叠加。引起或加重病情的诱因说不清。功能性消化不良分为4型：运动障碍型;反流型;溃疡型;非特异型。
1.运动障碍型消化不良
此型以腹胀、早饱、嗳气为主。症状多在进食后加重。过饱时会出现腹痛、恶心甚至呕吐。胃动力学检查50%～60%患儿存在胃近端和远端收缩和舒张障碍。
2.反流型消化不良
突出的表现是胸骨后痛，烧心，反流。内镜检查未发现食管炎。但24h小时酸碱度监测可发现部分患儿有胃食管酸反流。对于无酸反流者出现此类症状，认为与食管对酸敏感性增加有关。
3.溃疡型消化不良
其表现与十二指肠溃疡特点相同，夜间痛，饥饿痛，进食或服抗酸药能缓解，可伴有反酸，少数患儿伴烧心，症状呈慢性周期性。内镜检查未发现溃疡和糜烂性炎症。
4.非特异型消化不良
临床表现不能归入上述类型者，常合并肠易激综合征。
除了反流型消化不良，其他几种分类并无重要的临床意义，许多患儿并不止归入一个亚型，对患儿治疗的指导意义不大。
