1.中枢神经系统并发症 主要指AIDS脑病，小儿AIDS患者发生率较高。在围生期HIV感染儿中发生率约为23%，其发作常伴免疫缺陷的恶化。最严重的临床经过为亚急性脑病，常于症状出现后数周至数月死亡。其组织病理改变主要为脑萎缩。
2.其他并发症状 消化系统常见消耗综合征。有资料表明，约0.5%的小儿AIDS发生恶性肿瘤，常见肿瘤类型为非霍奇金淋巴瘤、Kaposi肉瘤、B 淋巴细胞性白血病、肝母细胞瘤等。小儿AIDS的心血管并发症近年已引起重视。伴随CD4 T淋巴细胞减少，可见渐进性左室功能障碍。机会感染(隐球菌病和曲菌病)和恶性肿瘤(Kaposi肉瘤)均可引起儿童和成人AIDS的心脏疾患。临床上可见充血性心力衰竭、心包填塞、非细菌性血栓性心内膜炎、传导紊乱和猝死等。亦可出现肾炎和肾病表现。HIV感染儿童的血液系统异常，常表现为白细胞减少、贫血和血小板减少。
尚有生长迟缓,肝脾肿大,淋巴结肿大,腹泻和慢性皮肤感染, 可发生严重败血症、机会性肺炎、间质性肺炎、脑膜炎、泌尿系感染、蜂窝组织炎、慢性中耳炎、慢性鼻窦炎，各脏器阿米巴病、结核菌感染、EB病毒感染、利斯特菌感染等。