本病治疗关键在于积极控制感染、防止复发、支除诱因、纠正先天或后天尿路结构异常，防止肾功能损害。
1、一般治疗 急性感染时应卧床休息，多饮水，勤排尿，减少细菌在膀胱内停留时间。女孩应注意外阴部清洁，积极治疗蛲虫。
2、抗菌疗法 应早期积极应用抗菌物治疗。药物选择一般根据：①感染部位：对肾盂肾炎应选择血浓度高的药物，而下尿路感染则应选择尿浓度高的药物如呋喃类或磺胺；②尿培养及药物敏感结果；③肾损害少的药物。急性初次感染经以下药物治疗，症状多于2～3天内好转、菌尿消失。如治疗2～3天症状仍不见好转或菌尿持续存在，多表明细菌对该药可能耐药，应及早调整，必要时可两种药物联合应用。
(1)磺胺药：因其对大多数大肠杆菌有较强抑菌作用，尿中溶解度高，不易产生耐药性，价格便宜常为初次感染首选药物。常用制剂为磺胺甲基异恶唑（SME），多与增效剂甲氧苄氨嘧啶（TMP）联合应用（即复方新诺明SMZco）。其剂量为50mg/(kg·d)分2次服。一般疗程为1～2周。为防止在尿中形成结晶应多饮水，肾功能不全时慎用。
(2)吡哌酸（pipemidic acid,PPA）：对大肠杆菌引起的尿感，因其尿排出率高，疗效显著。适用于各种类型尿感。用量30～50mg/(kg·d)，分3～4次口服。副作用少，可用轻度胃部不适。幼儿慎用。
(3)呋喃坦啶：抑菌范围广，对大肠杆菌效果显著，不易产生耐药性。剂量为8～10mg/(kg·d)，分3次口服。易致胃肠反应，农宜在饭后服用。亦可配合TMP使用。对顽固性感染需3～4个月连接治疗时更宜选用呋喃坦啶。
(4)氟哌酸；为喹诺酮类全合成广谱抗菌药物，对革兰阴性、阳性菌增色有较强抗菌作用。剂量5～10mg/(kg·d)，分3～4次口服。因其抗菌作用较强，长期应用可导致菌群失调，使用时应注意。一般不用于幼儿。
(5)氨基苄青霉素、先锋霉素：均为广谱抗生素，有较好抑菌作用，常用于尿感的治疗。卡那霉素、庆大霉素虽有较好抑菌作用，但因其肾霉性较大，且对听力也有不良影响，使用时应慎重。
3、疗程问题 急性感染时如所选用抗生素对细菌敏感，一般10天疗程可使绝大多数病人感染得到控制，如不伴发热者5天疗程可能已足够。痊愈后应定期随访年或更长。因为多数再发是再感染所致，因此不主张对所有病人均采用长程疗法。具体建议如下：①对不经常再发者，再发后按急性处理；②反复再发者，急性症状控制后可用SMZco、呋喃坦啶、吡哌酸或氟哌酸中的一种小剂量（治疗量的1/3～1/4）每晚睡前服用1次，疗程可持续3～6个月。对反复多次感染或肾实质已有不同损害者，疗程可处长至1～2年。为防止耐药菌株产生，可采用联合用药或轮替用药，即每种药物用2～3周后轮换使用，以提高疗效。
4、积极治疗尿路结构异常 小儿尿路感染约半数可伴有各种诱因，特别在慢性或反复再发的尿感多同时伴有尿路结构异常，必须积极查找，尽早治疗，防止肾实质损害。