脑脓肿临床症状受许多因素影响。脓肿的部位不同可出现不同的症状和体征。通常额叶或顶叶脓肿可长时间无症状，只有在脓肿增大产生明显占位效应或波及关键脑功能区(如感觉、运动皮质)时才会出现症状和体征。致病菌的致病力和宿主机体的免疫状态也可影响脑脓肿临床表现的急缓和轻重。脑脓肿的临床表现主要包括感染中毒表现、颅内压增高症候和局灶体征。在急性脑炎期主要表现为感染中毒症状，常见高热、头痛、呕吐、烦躁、易激惹和惊厥发作。如并发脑膜炎则症状尤著，并有典型脑膜刺激征。化脓期和包膜形成期主要表现为颅内压增高症候或局灶体征，体温正常或有低热。常见剧烈或持续性头痛、喷射性呕吐、意识障碍、血压升高、心率增快、视盘水肿、头围增大或前囟膨隆、局灶性惊厥发作等。局灶体征与脓肿部位有密切关系。额叶脓肿常见情感异常、淡漠或性格改变、失语;额顶叶脓肿可有对侧偏瘫或感觉障碍，局灶性惊厥发作常见;小脑脓肿可见共济失调、眼球震颤、眩晕、肌张力低下等。
脑内小脓肿，即直径在1～1.5cm以下的脑脓肿，常见于顶叶，临床表现大多轻微。多数病例以局灶性感觉或运动性癫痫发作起病，个别可有颅内压增高表现，局灶性体征少见。
如患儿有外周化脓性病灶，特别是中耳炎、乳突炎、皮肤感染或败血症，或有青紫型先天性心脏病或感染性心内膜炎，或有开放性颅脑损伤等病史，一旦出现中枢神经系统症候，即应考虑脑脓肿的可能性，及时进行CT或MRI检查可明确诊断。隐源性脑脓肿由于缺少上述外周感染史，临床诊断较为困难，确诊仍依赖神经影像学检查。
脑内小脓肿多表现为局灶性癫痫发作，因此对于原因不明的局灶性癫痫患儿，应常规进行增强CT扫描，有条件者行MRI检查，以排除脑内小脓肿的可能性。脑内小脓肿的诊断要点是：
1.隐匿起病，多无明确感染史。
2.无明显感染中毒症状。
3.以局灶性癫痫发作为首发及主要症状，常无明显局灶体征。
4.脑脊液化验多属正常，或仅有压力或蛋白轻度升高。
5.CT平扫脓腔显示不清，脓腔与周围脑水肿界限模糊，表现为2～5cm大小的不规则低密度区，CT值5～27Hu。增强扫描后呈团块状强化，少数呈环状，强化影直径<1.5cm，多数居于低密度区周边。
6.多数位于幕上近皮质区，以顶叶最为多见，大多为单发。