1.胃肠炎型的鉴别诊断
(1)金黄色葡萄球菌食物中毒：潜伏期短，约1～6h。恶心呕吐明显，多无发热。腹泻呈黄色水样便，恶臭，每次量较少，可有里急后重感。大便和剩余食物细菌培养可有金黄色葡萄球菌生长。
(2)副溶血弧菌食物中毒：潜伏期6～12h，病初腹痛、发热、畏寒，继之出现腹泻、呕吐。大便为黄色水样或血水样，有较多黏液与脓血，腥臭味，每天数次，量多，有里急后重感染，易致失水。大便及剩余食物可培养出病原菌。沿海地区较常见，有进食海产品和腌渍品史。
(3)大肠埃希杆菌食物中毒：潜伏期2～20h，初起出现食欲不振、腹痛、恶心，后出现腹泻，少有呕吐者。大使多呈黄色水样，可带有黏液和脓血，有恶臭，量多，多无里急后重感。重症者可致失水。大便和剩余食物可培养出病原菌。
(4)变形杆菌食物中毒：潜伏期4～12h，由摩根变形杆菌(proteus morganii)引起者可长达19～45h。初起出现腹痛、恶寒、发热，后出现呕吐、腹泻，大便为黄色水样，量多，多无里急后重感，可致失水。大便和剩余食物培养可有病原菌生长。
(5)霍乱：潜伏期1～3h，典型者先泻后吐，吐泻物为米泔水样，失水明显。由O1群所致者一般无发热、腹痛;由非O1群所致者常有发热及腹痛。常可发生菌血症导致胃肠道外损害。吐泻物常可培养出病原菌。
(6)化学毒物和生物毒物性胃肠炎：化学毒物如砷、汞、有机磷等，生物毒物如毒蕈等引起的胃肠炎可问及相应的病史，潜伏期更短，一般不发热。除胃肠炎症状外，还可有肝、肾、神经系统的损害。吐泻物及食物可检出毒物。
(7)其他：本病还需与病毒性肠炎、弯曲菌肠炎、耶菌肠炎相鉴别。
2.伤寒型和败血症型的鉴别诊断
(1)伤寒和副伤寒：发热时间较长，病情较重。可有相对缓脉、玫瑰疹以及咽出血、肠穿孔等并发症。非伤寒沙门菌感染则罕见或缺如。血肥达反应及血、大便、骨髓培养等结果可作鉴别。
(2)败血症：常可找到原发病灶，血白细胞及中性粒细胞多升高，血培养可分离出致病菌。
3.局部化脓感染型的鉴别诊断 与其他细菌引起的局部化脓感染，临床表现相似不易鉴别，惟一可靠的方法是作局部病灶的脓液培养出病原菌。