1.粪便检查
高倍显微镜(400倍)白细胞>15个，红细胞少量即可临床诊断菌痢;白细胞≤15诊断肠炎。镜检亦可查见虫卵，涂片可查见阿米巴滋养体、霍乱弧菌。
2.十二指肠液检查
分析pH值、胰蛋白酶、糜蛋白酶、肠激酶及血清胰蛋白酶原以判断蛋白质的消化吸收能力，测定十二指肠液的脂酶、胆盐浓度以了解脂肪的消化吸收状况，还可进行细菌培养和寄生虫卵的检测
3.血清免疫学检查
各种抗原抗体免疫学试验有助于各种感染性腹泻的病原学诊断，如肥达反应对伤寒、副伤寒的确诊。
4.影像学检查
(1)X线检查X线在透视下，动态观察食管、胃、十二指肠、小肠、大肠直至肛门，整个消化道的运动功能，形态，有无溃疡，有无占位性病变都有很重要的诊断价值。
(2)超声波检查腹部B超对胃肠、肝胆的形态，占位性病变等提供形态学诊断依据。
(3)磁共振成像(MRI)MRI对肝脏肿瘤，特别是肝脏恶性肿瘤与囊性病变的鉴别诊断很有意义。还可以用于炎性肠病及坏死性小肠结肠炎，淋巴瘤和外伤后肠壁血肿的诊断。
(4)CT检查在小儿腹部疾病的鉴别诊断中起重要作用，主要用于腹部包块，腹腔脓肿、外伤、肝、胰等疾病的诊断和鉴别诊断。
5.纤维胃镜、纤维结肠镜检查及腹腔镜检查
上消化道内镜包括3种：纤维内镜，电子内镜及被动式小肠镜。这些内镜具有影像清晰，可以拍照，录像，活检，便于治疗，目前已广泛用于儿科临床。腹腔镜检查可在直视下或取活体组织做病理检查以明确诊断。
6.病理检查
活体组织病理检查对腹泻的确诊具有决定意义。通过组织学检查，为疾病的确诊提供了病理诊断。
7.呼吸试验
由于方法简便，无创伤性，且适合于各年龄组儿童患者，因此可广泛应用于胃肠病临床，成为诊断胃肠病的有效手段之一。
(1)氢呼气试验①乳糖氢呼气试验：用于诊断乳糖吸收不良。②蔗糖氢呼气试验：用于诊断原发性蔗糖-异麦芽糖缺乏。③诊断小肠细菌过度生长的氢呼气试验：可用于诊断小肠细菌过度生长。
(2)二氧化碳呼吸试验①检测脂肪吸收：14C标记的三油酸甘油酯呼吸试验为检测脂肪吸收不良简便可靠的方法。②检测糖类吸收：应用天然富含13C-乳糖呼吸试验，可以诊断乳糖吸收不良。③诊断小肠细菌过度生长：14C-甘氨胆酸试验可用于诊断小肠细菌过度生长。④尿素呼吸试验：用于检测幽门螺杆菌。除了用于诊断外，还可以用于抗菌治疗后追踪检查，该试验能准确反映幽门螺杆菌的阴转、复发及再感染，因此可以作为疗效判定及筛选有效药物时的重要手段。