因迁延性、慢性腹泻常伴有营养不良和其他并发症，病情较为复杂，必须采取综合治疗措施。
1.积极寻找引起病程迁延的原因，针对病因进行治疗，切忌滥用抗生素，避免顽固的肠道菌群失调。
2.预防和治疗脱水，纠正电解质及酸碱平衡紊乱。
3.营养治疗此类病儿多有营养障碍，继续喂养对促进疾病恢复，如肠黏膜损伤的修复、胰腺功能的恢复、微绒毛上皮细胞双糖酶的产生等，是必要的治疗措施，禁食对机体有害。
(1)继续母乳喂养。
(2)人工喂养儿应调整饮食，<6个月婴幼儿用牛奶加等量米汤或水稀释，或用发酵奶(即酸奶)，也可用奶—谷类混合物，每天喂6次，以保证足够热卡。大于6个月的婴儿可用已习惯的平常饮食，如选用加有少量熟植物油、蔬菜、鱼末或肉末的稠粥、面条等，由少到多，由稀到稠。
(3)双糖不耐受患儿：由于有不同程度的原发性或继发性双糖酶缺乏，食用含双糖(包括蔗糖、乳糖、麦芽糖)的饮食可使腹泻加重，其中以乳糖不耐受最多见，治疗宜采用去双糖饮食，可采用豆浆(每100毫升鲜豆浆加5～10克葡萄糖)、酸奶、或去乳糖配方奶粉。
(4)过敏性腹泻：这患儿在应用无双糖饮食后腹泻仍不改善时，需考虑对蛋白质过敏(如对牛奶或大豆蛋白过敏)的可能性，应改用其他饮食。
(5)要素饮食：是肠黏膜受损伤患儿最理想的食物，系由氨基酸、葡萄糖、中链甘油三酯、多种维生素和微量元素组合而成。即使在严重黏膜损害和胰消化酶、胆盐缺乏情况下仍能吸收与耐受，应用时的浓度和量视患儿临床状态而定。
(6)静脉营养：少数严重病儿不能耐受口服营养物质者，可采用静脉高营养。推荐方案为：脂肪乳剂每日 2～3g/kg，复方氨基酸每日2～2.5g/kg，葡萄糖每日12～15g/kg，电解质及多种微量元素适量，液体每日120～150ml/kg，热卡每日50～90cal/kg。通过外周静脉输入，好转后改为口服。
4.药物治疗
(1)抗生素：仅用于分离出特异病原的感染患儿，并根据药物敏感试验选用。
(2)补充微量元素和维生素：如锌、铁、烟酸、维生素A、B12、B、C和叶酸等，有助于肠黏膜的修复。
(3)应用微生态调节剂和肠黏膜保护剂。
5.中医辨证论治有良好疗效，并可配合中药、推拿、捏脊、针灸和磁疗等。