大肠杆菌K100与嗜血流感杆菌可有交叉反应抗原存在，应注意鉴别。并应注意与其他病原引起的脑膜炎相鉴别。
1．病毒性脑膜炎起病一般较急。除有一般脑膜炎特征外，全身感染中毒症状不重。脑脊液多清亮或微混；细胞数0～数百个，早期中性粒细胞增多，但以后即以淋巴细胞为主；糖、氯化物及蛋白含量多正常。细菌学检查阴性。
2．脑膜炎双球菌脑膜炎多在冬春季节发病，具有流行性，皮肤多有出血点或瘀斑，危重暴发型可迅速呈现进行性休克，意识障碍常并发DIC。必须依靠皮肤瘀点或脑脊液细菌学检查确诊。
3．隐球菌脑膜炎起病隐匿，病程长，病情可起伏加重。颅压增高明显，头痛剧烈，可出现视力障碍，但脑膜刺激症状可不明显。确诊靠脑脊液沉渣墨汁涂片找到厚荚膜的发亮圆形菌体，沙氏培养基上有新型隐球菌生长。