以肌型为主要表现者应与先天性肌弛缓相鉴别。极度的心脏肥大和肌肉无力发生于出生时看似正常的婴儿，高度提示GSD-Ⅱ。但需注意与冠状动脉起源异常、急性间质性心肌炎，特别是心内膜弹力纤维增生症相鉴别。GSD-Ⅲ型和Ⅳ型病人，虽然心肌也有一些异常结构的糖原贮积，但不导致明显心肌功能障碍。肝脏及心脏活组织切片显示溶酶体酸性α-葡萄糖苷酶缺乏是确诊GSD-Ⅱ的依据。也可通过测定肌肉组织或白细胞酶对GSD-Ⅱ病人做出诊断。产前诊断可经羊水细胞中酶的测定予以确定。也有报告用电子显微镜直接观察不经培养的羊水细胞而做出产前诊断者。