本病征一年四季均可发病，夏秋季多。以儿童占多数。起病可缓可急，伴厌食、恶心、呕吐、腹痛、头痛、咽痛、肌痛等症状。发热一般为中等度，平均4～6天热退，有时热退又可重起，呈双相热型。大多病起1～2天内出现脑膜刺激征，但常不如化脓性脑膜炎显著。
发病季节，流行病学和某些病状可提供诊断线索，如无菌性脑膜炎同时有皮肤斑丘疹可能是埃可病毒感染，同时有流行性肌痛可能是柯萨奇病毒B组感染。确定诊断要靠病毒学和血清学检查。脑脊液、胸腔积液、腹水、血中分离出病毒意义很大。大便或咽分泌物中分离出病毒须结合血清抗体滴度升高来诊断。病初和病后2～3周两次取血作血清抗体测定，若滴度有4倍以上增高有诊断意义。
腮腺炎病毒在无菌性脑膜炎病原中仅次于肠道病毒，占第2位，当无腮腺肿大时两者症状相似，临床上不能鉴别。一般来说，腮腺炎脑膜炎或脑炎冬春多见，有腮腺炎接触史，血淀粉酶增高。腮腺肿大是诊断流行性腮腺炎的有力证据，但腮腺炎病毒感染并不都出现腮腺肿大，而柯萨奇病毒和埃可病毒感染，乙型脑炎都有并发腮腺肿大的报道。
一般说来，乙型脑炎的症状比肠道病毒感染症状重，持续时间长，但这种区别是相对的，乙型脑炎有的症状很轻，而肠道病毒可能有严重的脑炎症状。
