1.胃食管反流 胃食管反流性疾病功能性消化不良中的反流亚型与其鉴别困难，胃食管反流性疾病具有典型或不典型反流症状，内镜证实有不同程度的食管炎症改变，24h食管pH监测有酸反应，无内镜下食管炎表现的患者属于反流样消化不良或胃食管反流性疾病不易确定，但两者在治疗上是相同的。
2.消化性溃疡 具有溃疡样症状的器质性消化不良包括：十二指肠溃疡，十二指肠炎，幽门管溃疡，幽门前区溃疡，糜烂性胃窦炎。在诊断功能性消化不良溃疡亚型前必须进行内镜检查以排除以上器质性病变。
3.胃轻瘫 许多全身性的或消化道疾病均可引起胃排空功能的障碍，造成胃轻瘫。较常见的原因有糖尿病、尿毒症、结缔组织病。在诊断功能性消化不良运动障碍亚型时，应仔细排除其他原因所致的胃轻瘫。
4.慢性难治性腹痛(CIPA) CIPA病人70%为女性，多有身体或心理创伤史。病人常常主诉有长期腹痛(超过6个月)，且腹痛弥漫，多伴有腹部以外的症状。大多数病人经过广泛的检查而结果均为阴性。这类病人多数有严重的潜在的心理疾患，包括抑郁、焦虑和躯体形态的紊乱。他们常坚持自己有严重的疾病并要求进一步检查。对这类病人应提供多种方式的心理、行为和药物联合治疗。
