1989年，美国芝加哥专题会议将功能性消化不良分为5个亚型：①反流样消化不良(reflux-like dyspcpsia);②运动障碍样消化不良(dysmotility-like dyspepsia);③溃疡样消化不良(ulcer-like dyspepsia);④吞气症(aerophagia); ⑤特发性消化不良(idiopathic dyspepsia)。但后面的两型概念比较模糊，有的学者提出分成3型(即前3型)。但目前采用较多的是4型分类：①运动障碍样型;②反流样型;③溃疡样型;④非特异型。
1.运动障碍样消化不良 此型患者的表现以腹胀、早饱、嗳气为主。症状多在进食后加重。过饱时会出现腹痛、恶心，甚至呕吐。动力学检查约50%～60%患者存在胃近端和远端收缩和舒张障碍。
2.反流样消化不良 突出的表现是胸骨后痛，烧心，反流。内镜检查未发现食管炎，但24h pH监测可发现部分患者有胃食管酸反流。对于无酸反流者出现此类症状，认为与食管对酸敏感性增加有关。
3.溃疡样消化不良 主要表现与十二指肠溃疡特点相同，夜间痛，饥饿痛，进食或服抗酸药能缓解，可伴有反酸，少数患者伴烧心，症状呈慢性周期性。内镜检查未发现溃疡和糜烂性炎症。
4.非特异型消化不良 消化不良表现不能归入上述类型者，常合并肠易激综合征。
但是，除了反流样消化不良，其他几种分类并无重要的临床意义。许多病人并不止归入一个亚型;而且这种分类与病理生理学紊乱和临床疗效无关。例如：动力障碍亚型的消化不良病人，胃轻瘫的发生率并不比其他亚型高;促动力药对他们的疗效也并不一定好于其他亚型病人。然而，反流亚型的消化不良病人胃食管反流的发生率，确实要高于其他亚型病人，且抗反流治疗效果更好。
1.诊断 对于功能性消化不良的诊断，首先应排除器质性消化不良。除了仔细询问病史及全面体检外，应进行相应的辅助检查及实验室检查。多数根据第一线检查即可基本确定功能性消化不良的诊断。此外，许多原因不明的腹痛、恶心、呕吐患者往往经胃肠道压力检查找到了病因，这些检查也逐渐开始应用于儿科病人。
2.功能性消化不良通用的诊断标准
(1)临床表现：慢性上腹痛、腹胀、早饱、嗳气、反酸、烧心、恶心、呕吐、喂养困难等上消化道症状，持续至少4周。
(2)辅助检查：内镜检查未发现胃、十二指肠溃疡、糜烂、肿瘤等器质性病变，未发现食管炎，也无上述疾病史。B超、X线检查，排除肝、胆、胰疾病。
(3)实验室检查，排除肝、胆、胰疾病。
(4)无糖尿病史，结缔组织病，肾脏疾病及精神病。
(5)无腹部手术史。
3.罗马Ⅱ诊断标准 罗马Ⅱ对小儿功能性消化不良的诊断采用了成人的标准，具体如下：
下列症状在12个月内至少出现12周，但无须连续：
(1)上腹部持续性或复发性疼痛或不适感。
(2)无器质性疾病的证据。
(3)排便后不缓解，大便的次数及形状无改变。
