细菌性痢疾以脓血便为其特征。但是仅凭脓血便诊断菌痢，误诊率可达30%左右。最容易与以下肠炎相混淆：
1.侵袭性大肠埃希杆菌(EIEC)肠炎 本病发病季节与病症极似菌痢，也表现为发热、腹泻、脓血便，也发现有类似中毒型痢疾的表现。鉴别需依据粪便培养，培养结果：痢疾杆菌阴性，发现有大肠埃希杆菌，再用此大肠埃希杆菌菌液滴入豚鼠眼结膜囊内24h后如发现豚鼠结膜充血有炎症反应，即可确诊为侵袭性大肠埃希杆菌。
2.空肠弯曲菌肠炎 本病发病季节与临床经过也类似菌痢。多见于3岁以上小儿。症状表现发热、腹泻，先为稀便，以后可表现为脓血便，类似痢疾。鉴别需依据粪便培养。采用微需氧43℃培养法，可培养出空肠弯曲菌。
3.沙门菌肠炎 以小婴儿多见，粪便多样化为其特点，开始为稀便，以后可表现为黏液、脓血便。易误诊为菌痢。鉴别首先发病年龄不同，痢疾多见于3岁以上儿童，小婴少见。准确鉴别需依据粪便培养。
