潜伏期一般为1～3天(数小时至7天)，流行期为6～11月，发病高峰期在8月。分为急性菌痢、慢性菌痢和中毒性菌痢。
1.急性菌痢
典型病变过程分为初期的急性卡他性炎，后期的假膜性炎和溃疡，最后愈合。主要有全身中毒症状与消化道症状，可分成四型：
(1)普通型 起病急，有中度毒血症表现，怕冷、发热达39℃、乏力、食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、里急后重。稀便转成脓血便，每日数十次，量少，失水不显著。一般病程10～14天。
(2)轻型 全身中毒症状、腹痛、里急后重均不明显，可有低热、糊状或水样便，混有少量黏液，无脓血，一般每日10次以下。粪便镜检有红、白细胞，培养有痢疾杆菌生长，可以此与急性肠炎相鉴别。一般病程3～6天。
(3)重型 有严重全身中毒症状及肠道症状。起病急、高热、恶心、呕吐，剧烈腹痛及腹部(尤为左下腹)压痛，里急后重明显，脓血便,便次频繁,甚至失禁。病情进展快，明显失水，四肢发冷，极度衰竭，易发生休克。
(4)中毒型 此型多见于2～7岁体质好的儿童。起病急骤，全身中毒症状明显，高热达40℃以上，而肠道炎症反应极轻。这是由于痢疾杆菌内毒素的作用，并且可能与某些儿童的特异性体质有关。中毒型菌痢又可根据不同的临床表现分为三型。
2.慢性菌痢
菌痢患者可反复发作或迁延不愈达2个月以上，部分病例可能与急性期治疗不当或致病菌种类(福氏菌感染易转为慢性)有关，也可能与全身情况差或胃肠道局部有慢性疾患有关。主要病理变化为结肠溃疡性病变，溃疡边缘可有息肉形成，溃疡愈合后留有瘢痕，导致肠道狭窄，若瘢痕正在肠腺开口处，可阻塞肠腺，导致囊肿形成，其中贮存的病原菌可因囊肿破裂而间歇排出。分型如下：
(1)慢性隐伏型 病人有菌痢史，但无临床症状，大便病原菌培养阳性，作乙状结肠镜检查可见菌痢的表现。
(2)慢性迁延型 病人有急性菌痢史，长期迁延不愈，腹胀或长期腹泻，黏液脓血便，长期间歇排菌，为重要的传染源。
(3)慢性型急性发作 病人有急性菌痢史，急性期后症状已不明显，受凉、饮食不当等诱因致使症状再现，但较急性期轻。
3.中毒性菌痢
起病急骤，有严重的全身中毒症状，但肠道病变和症状较轻微。儿童多发，一般见于2～7岁。可出现中毒性休克或因呼吸衰竭而死亡。病原菌多为褔氏或宋内氏痢疾杆菌。
