囊型棘球蚴病的潜伏期比较长。从至发病为10～20年或更长。临床表现主要看虫体寄生部位以及囊肿大小和有无并发症。发病的早期无自觉症状，患者全身健康状况良好。
1.肝包虫囊肿
占大部分。多位于常接近肝脏表面，肝脏的右叶，故主要症状是右上腹或上腹部出现肿块，但不会有任何疼痛感觉，囊肿多为单个，位于膈面，向腹腔突出，也可为多个。表面光滑，质度较坚。肝脏右叶顶部膈肌升高是因为包虫囊向上生长，使运动受限。而位于肝门附近的肝包虫囊向下生长，或压迫门静脉引起门脉高压症，可压迫胆总管引起黄疸，主要表现为脾肿大，食管下段静脉曲张或腹水，但不常见。极少数患者叩诊时可触到包虫震颤。巨大肝右叶包虫囊患者的肝脏左叶常有代偿性肿大。左叶包虫囊的体征出现较早且较显著。
肝包虫病主要有感染和破裂，两者交叉通常会有以下两种结果：
(1)肝包虫囊穿破包虫囊内张力甚高，诊断性穿刺无不引起囊液外溢。包虫囊破裂不仅被挤压造成也可因外伤引起。大量囊液破入腹腔或胸腔可造成过敏性休克，并使囊液中头节播散移植至腹腔或胸腔内产生多发性继发包虫囊肿。
(2)来自胆管的细菌感染也可因外伤或穿刺引起。临床上有发热，肝区疼痛，白细胞计数与中性粒细胞增多、酷似肝脓肿。但由于外囊囊壁较厚、细菌与毒素不易吸收入血，故毒血症症状较轻。肝右叶顶部包虫囊感染，除膈肌抬高，运动受阻外，也可引起反应性胸膜炎与积液
2.肺包虫囊肿
占少部分。这种病有一个比较明显的趋势：多见于右肺和下叶，通常为单个，多发者少见。早期肺包虫囊较小，患者无自觉症状，常在胸部X线透视时发现。肺包虫囊逐渐长大就会出现：胸痛、咳嗽、痰血等，胸痛为持续性隐痛。可压迫周围肺组织，引起肺萎陷和纤维化。易破裂少部分患者痰中带血，偶尔包虫囊肿破裂时可发生大咯血。少部分患者包虫囊穿破至支气管，穿破时患者突然发生阵发性呛咳，呼吸困难，咯出大量水样囊液与粉皮状角皮膜以及咯血等症状，偶尔因大量囊液溢出与堵塞引起窒息。并发感染时，患者有发热、咳脓痰等症状。少数病例可破入胸腔，引起包虫性胸膜炎。
3.脑囊包虫囊肿
多见于儿童，发病率很低，常见于顶叶，通常会伴有肝与肺包虫病。临床症状为头痛、视神经盘水肿等颅内高压症，常有癫痫发作。脑电图片可以看到局限性慢波。颅脑CT扫描及磁共振影像可见大的囊肿阴影，对于定位与定性诊断有特殊贡献。
4.眼眶包虫囊肿
眼眶包虫病可发生于眼眶任何部位，其症状与一般眼眶肿瘤相似，即眼球突出、偏位而引起复视。眼球突出严重时可发生暴露性角膜炎、角膜溃疡、角膜穿孔，甚至发生全眼球炎或眼球萎缩。有的包虫囊可生长很大，充满整个眼眶，并可腐蚀眶壁，侵袭到颅腔。也可压迫视神经而产生视乳头水肿，视网膜出血或视神经萎缩。包虫偶可寄生于眼内，在玻璃体内逐渐长大，导致失明。
5.其他器官的细粒棘球蚴病
囊型包虫病可发生在腹腔和盆腔、脾、肾、脑、骨、纵隔、心脏、肌肉和皮肤、膀胱、卵巢、睾丸等部位，泡型包虫病可发生肺、脑等部位的转移，主要表现为占位性囊肿引起的压迫症状，几乎都伴有肝或肺包虫病的症状。有刺激或过敏反应等临床症状和体征。少数患者可同时存在2种棘球蚴混合感染。个别包虫病患者可出现寄生虫性栓塞。