一般实验室检查：白细胞减少。脑炎型者脑脊液中淋巴细胞增多，蛋白增高。
1.免疫学检查 利用血清学抗体检测方法，常用ELISA法，采用患者急性期和恢复期双份血清，两份血清同时进行检测，以恢复期血清较急性期特异性IgG抗体滴度升高4倍以上为阳性。有助于本病的诊断。
2.病原学检查 自潜伏末期至发病后第5天，从患者血液或脑脊液中分离出病毒阳性率较高，对新分离病毒的鉴定一般采用已知血清进行中和实验。
3.分子生物学检查 RT-PCR法检测，通过设计西尼罗河热病毒特异引物对血清或脑脊液标本进行RT-PCR试验，阳性率高，具有特异性诊断价值。