膈下脓肿的诊断一般比较困难，因为本病是继发感染，常被原发病灶之症状所掩盖，故应与原发病灶相鉴别，如急性阑尾炎穿孔，胃十二指肠溃疡穿孔，以及肝胆等的急性炎症等。
1.急性阑尾炎是外科常见病，居各种急腹症的首位。转移性右下腹痛及阑尾点压痛、反跳痛为其常见临床表现，但是急性阑尾炎的病情变化多端，因此对每一具体病例都应认真对待，详尽询问病史，仔细检查，这样才能准确诊断，早期手术，防止并发症，提高治愈率。
2.十二指肠溃疡(duodenal ulcer，DU)是常见的慢性疾病之一。十二指肠溃疡是消化性溃疡最常见的类型，发生于十二指肠，即连接胃的头十余厘米小肠肠段。由于多种因素引起的十二指肠黏膜层和肌层的缺损。