实验室检查对确定肝脾肿大原因和判定肝脏功能极为重要，有时临床症状并不明显但化验检查已显肝功能异常。实验室检查对评估肝脏损害程度及其预后也是必不可少的。
1.血液检查
(1)血象 白细胞计数和细胞形态观察对感染性疾病、白血病有诊断价值。血红蛋白、红细胞减少，网织红细胞增加，提示溶血性贫血。
(2)血液胆红素定量、定性检查 对诊断黄疸伴有肝脾肿大是不可缺少的检查项目。测定血清胆红素浓度是新生儿肝大最常做的化验，新生儿期血液病是新生儿黄疸最常见原因之一，很多肝大伴有黄疸的病都需要与其鉴别，尤其在生后第1周内。若血清胆红素持续增高至生后2周以上，并且以直接胆红素增高为主，便应考虑为肝脏疾病。
(3)肝功能检查 肝功能、乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、乙型肝炎核心抗原和E抗原的检查，对诊断新生儿肝炎综合征是否由乙型肝炎病毒引起，是重要的依据。肝功能试验中的脑磷脂絮状试验、硫酸锌浊度试验等，在新生儿期常不呈阳性反应。谷丙转氨酶和谷草转氨酶在心脏和肌肉组织中含量也较多，窒息缺氧后此类酶可大量释放至血流。乳酸脱氢酶在肝炎时增高，阻塞性黄疸时不增高，提示胆汁郁积的酶有碱性磷酸酶、亮氨酸氨基转肽酶和γ-谷酰转肽酶等，血清5′-核苷酸酶在胆道闭锁时也明显增高。
(4)病原学检查 血液细菌培养、病毒分离及特异性抗体的检测，可帮助确定引起感染的细菌和病毒的种类。
(5)其他试验 如疑有糖代谢异常者应测定血糖及糖耐量试验。为确诊血型不合溶血病须做抗人球蛋白直接试验、游离抗体测定和抗体释放试验。血清蛋白电泳、甲种胎儿蛋白、免疫球蛋白等检查可根据需要酌情选做。
2.骨髓检查
考虑有血液病或恶性细胞增生时应做骨髓穿刺，对诊断白血病、血小板减少性紫癜、疟疾等是很有价值的。
3.肝活组织检查
对诊断不明的肝脾肿大或疑为肿瘤者，可考虑肝脾穿刺后取活体组织检查，对确定新生儿肝肿大的性质很有帮助。如确诊肝原发性肿瘤或继发性肿瘤，区别新生儿肝炎综合征和肝内胆管闭锁等。
4.B型超声检查
超声波检查可帮助确定肝脾的大小，特别在小儿腹胀严重而使肝脾触及不清时尤为必要。应用超声扫描可观察肝脏位置、形态、大小，检查横膈运动，显示肝脏与相邻器官的关系。超声波检查还可提供病因学资料，如新生儿肝炎时基本波型呈密集微波和密集微小波;新生儿肝癌为丛状波、迟钝波和出波衰减;肝脓肿可见液平段等。B型超声对肝囊肿、肝脓肿和肝肿瘤等肝内肿物的鉴别极有用，肝硬化、脂肪肝和淤血肝也能在超声图像下区别。胆囊超声波检查可发现胆总管囊肿的存在。
超声检查可以观察脾脏的位置、形态和大小，新生儿合作程度、腹肌紧张和腹水等因素对其影响较小。利用超声检查判断脾大较触诊更敏感和正确，并可显示内部结构，可区别淤血性脾肿大、淋巴肉芽肿、脾的原发性肿瘤和脾被膜下血肿等。
5.放射性核素检查
放射性核素检查也可用于肝脾肿大的诊断，胶体Tc用于了解肝脏的位置、形态、大小和探测肝内有无占位病变。脾脏可与肝同时显影，脾功能正常时，脾影较肝右叶淡，脾功能亢进时，脾影可浓于肝影，对脾内占位病变和浸润病变的诊断，也很有用。