新生儿出生前出生时及出生后的各种致病因素，均可引起急性肾功能衰竭。按肾损伤性质及部位不同，可将病因分成肾前性、肾性和肾后性三大类。
1.肾前性
新生儿期凡能使心搏出量减少或血容量不足的临床因素，均可能引起肾血流灌注低下，导致肾前性ARF。
新生儿肾血流灌注不足，最常发生在生后48小时以内的多种病理状态，如窒息缺氧、呼吸窘迫综合征、心力衰竭、低血压、严重脱水、大量出血、败血症、低体温等。正压通气压力过高可影响血液回流，使心搏出量减少，应用大剂量血管扩张药致血压降低，或大剂量血管收缩药(如去甲基肾上腺素)可致肾血管痉挛，发生肾血流灌注不足而出现肾前性ARF。
2.肾性
由肾实质损害引起，又称为真性肾功能衰竭。主要病因如下：
(1)肾缺氧 窒息缺氧严重或持续时间延长可致不同程度的肾脏损害，主要见于围生期缺氧。此外新生儿冻伤及严重感染等也是新生儿肾实质损伤的重要病因，主要见于伴有低体温硬肿面积>50%、低氧血症和酸中毒患儿。
(2)肾缺血 大量失血肾动脉(或肾小动脉)血栓形成、栓塞及狭窄，肾皮质或髓质坏死，肾梗死肾静脉栓塞(严重脱水、弥散性血管内凝血、循环不良、糖尿病母亲的婴儿)等肾血管病变，均可使肾血流量减少，肾小管供血不足。
(3)肾中毒 包括致肾毒性抗生素如氨基糖苷类抗生素、多黏菌素、二性霉素等;易致肾损害药物如吲哚美辛、妥拉唑林等;各种致肾毒害产物如血红蛋白尿、肌球蛋白尿、过氧化物尿症、尿酸性肾病等。
(4)其他肾疾病 先天性肾发育异常如双肾不发育、肾囊性病变、先天梅毒病、弓形虫病、先天性肾病综合征及肾盂肾炎等。
3.肾后性
主要为尿路梗阻引起的ARF，见于各种先天泌尿道畸形，如后尿道瓣膜、尿道憩室、包皮闭锁、尿道狭窄、输尿管疝等。也见于肾外肿瘤压迫尿道或医源性手术插管损伤致尿道狭窄。