感染与非感染性腹泻根据临床有无感染症状容易鉴别，肠内感染性腹泻和肠外感染性腹泻，前者腹泻症状重，后者只是症状性腹泻，有原发感染性疾病的表现，也易鉴别。新生儿流行性腹泻病根据流行病史和实验室检查可确诊。
1.肠内感染性腹泻
(1)流行病学史：根据病史特点进行鉴别分析，婴儿室有腹泻流行，提示有大肠杆埃希菌、鼠伤寒沙门菌、变形杆菌或病毒性肠炎之可能。母亲有发热、早期破水、产程长或窒息史等，要考虑有感染性腹泻的可能。
(2)临床表现：根据症状体征特点进行鉴别分析，腹泻早期即出现体温异常、发热或体温过低，面色不佳、呕吐、大便含黏液或脓血，镜检有红、白(脓)血球，提示为感染性腹泻，进一步便涂片染色检查、培养或病毒分离，可鉴别肠炎性质(病原)。
2.肠外感染 有感染中毒症状，有原发感染性疾病表现，便镜检有少量白细胞。
3.非感染性腹泻 如糖类消化吸收不良、脂肪消化吸收等，无感染表现。
