1.控制感染
根据病原及药敏结果，选用抗生素，对革兰阴性杆菌可选用头孢第三代抗生素或阿莫西林/克拉维酸钾。病毒性腹泻不必使用抗生素。真菌性肠炎应停用抗生素，用制霉菌素口服。
2.纠正水电解质紊乱
对新生儿腹泻要随时观察是否有脱水、酸中毒和电解质紊乱，要及时予以纠正。
3.补液量
新生儿个体差异较大，不同出生体重，不同日龄，需要量均不同，要个体化对轻中度脱水补液量不宜过多。对重度脱水，有循环衰竭者，先给2∶1等张液20ml/kg，静脉滴注。
4.补液性质
等渗脱水补1/2张，低渗脱水补2/3张，高渗脱水补1/3张。
5.补液速度
输液总量的一半以8～10ml/(kg·h)速度静脉滴注，约需8小时另一半以5～6ml/(kg·h)速度静脉滴注。早产儿补液速度应<7ml/(kg·h)。
6.纠正酸中毒
用碳酸氢钠，根据血气分析BE值计算，5%碳酸氢钠(毫升)=-Be×体重(千克)×0.5先用计算量的一半，用5%葡萄糖等量稀释静脉滴注。纠正酸中毒的目标是使pH不低于7.25。
7.纠正电解质紊乱
新生儿腹泻易发生低钠血症和低钾血症。补钾不宜操之过急，如血钾<3.5mmol/L，可给氯化钾1.5～3mmol/(kg·d)，用10%氯化钾1～2ml/(kg·d)，稀释成0.15%～0.2%，持续静脉滴注。
8.其他
治疗可用双八面体蒙脱石，腹泻时间较长者需用微生态调节剂如双歧杆菌口服。
