关于本病病因各家见解尚不统一，一般认为与以下因素有关：
1.胃壁肌层缺损
胚胎发育期，消化管来自内，中胚层，内胚层构成黏膜下上皮，中胚层构成肌层，当胚胎3～4周时，胃为食管扩张的梭形部分，胚胎5～6周时，胃左端开始有中胚层环肌的始基，起始于食管下端，胚胎6～7周时渐渐向胃大弯及胃底部发展，至胚胎9周时，胃的斜肌纤维可由环肌发展，最后形成纵肌，直至胚胎4个月时，发育仍不完善，但是胚胎后期纵肌发育较快，特别是胃底部，斜肌发育较慢，故在降生后贲门下胃壁仍很薄弱，如发育期发生障碍，即可形成肌层的缺损。
2.胃收缩拉力不均
当胃壁肌层缺损时，胃收缩的拉力不均匀，可造成胃的破裂。
3.贲门部大弯部过分扩张
有些学者认为胃生成过程中，贲门部大弯部的过分扩张(如小儿吞气后)，使胃内压增加，肌层因此发生断裂而至穿孔。
胃壁肌层缺损最常见于胃底部和大弯侧，Kneisil提出，这是正常肌层发育尚未完全的薄弱间隙，这种小块状肌层薄弱区很可能是正常新生儿胃壁肌层尚未发育完全，在肌束之间有的交织间隙，这是正常发育过程，但在生后不久很快地继续发育完善，这些间隙也随之消失。
4.胃肠壁局部缺血
还有很多作者不同意胃肠道肌层变薄是一种先天性畸形，相反认为可能是胃肠壁局部缺血的结果，他们提出局部缺血是引起穿孔的常见病因，当窒息，低氧血症，难产和出血等情况下，机体血流代偿性重新分布，使胃肠道，肾和周围血管床血液供应减少而保证心脏和脑血液供应，如果这个代偿保护局部反应过强，可产生胃肠道局部缺血导致穿孔。
