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对新生儿病毒性心肌炎暴发流行的预防,对优生优育及降低新生儿死亡率十分重要,应做好围生期保健工作,保护孕妇免受感染。对婴儿室及母婴同室病房应加强管理,严格遵守消毒隔离制度。发生流行时,患儿应隔离2周,接触者检疫。对易感新生儿给予注射人血清免疫球蛋白,每次0.2ml/kg。目前,有关预防柯萨奇病毒感染的基因疫苗的研制工作正在进行中。同时应积极防止产伤、窒息、寒冷及高热等。