1、肺脓肿: 肺脓肿临床表现较重， 如细菌性肺脓肿: 急性起病， 高热， 中毒症状较明显， 咳大量脓痰， 抗感染治疗有效; 阿米巴脓肿: 常有痢疾史， 咳棕红色痰， 痰涂片可找到阿米巴包囊或滋养体。单个肺囊肿继发感染时与肺脓肿症状相似， 但X 线平片显示肺脓肿壁较厚、周围肺组织浸润或有纤维化改变， 病灶经抗感染治疗后可有动态变化， 而先天性肺囊肿往往全身中毒症状不重， 感染控制后囊腔内液体可能排空， 而囊肿仍固定无变化。CT 上肺脓肿周围肺纹理反应明显， 壁厚薄不均， 且见不到囊内花边样改变。
2、肺包虫囊肿: 在我国的流行地区是新疆、青海、甘肃、宁夏、内蒙古及西藏， 但由于交通发达、人口流动、畜产品加工、运输频繁等原因， 使原来仅流行于牧区的包虫病在非流行地区的城镇也可因间接接触而受感染。临床表现: 肺包虫囊肿是一个不断扩展的占位性病变， 肺包虫囊肿以年倍增， 且壁较薄， 较小的囊肿一般不引起症状， 长大到一定程度对周围组织有压迫或继发感染时可有胸痛、咳嗽、发热等症状。肺包虫病由血行播散， 下叶多于上叶， 右叶多于左叶。X 片及CT 可见囊肿内有液平面， 其上方可见两层弧形透亮影; 若仅内囊破裂， 部分囊膜漂浮在囊液上， 则显示" 水上浮莲征”。
3、肺炎(尤其是金黄色葡萄球菌肺炎) : 先天性肺囊肿继发感染时， 临床表现与肺炎相似， 但先天性肺囊肿常无明显全身症状且为反复发生， 病变在固定部位， 显示斑片状阴影伴有薄壁环形透亮区， 而患者并无免疫功能低下或其他反复呼吸道感染的病因， 仔细读片及治疗过程中动态观察可以与肺炎相区别。
4、空洞型肺结核: 空洞型肺结核一般较小， 周围可见卫星灶， 且有播散病灶。可通过结核菌素试验及结核菌抗原和抗体检测以及X 线摄片随访予以区别。
5、肺大泡合并感染: 肺大泡往往形态多变， 可在短期出现或消失， 而先天性肺囊肿则长期存在， 部位固定不变。肺大泡合并感染可见液平， 壁菲薄均匀， 直径较小。
6、气胸: 张力性肺气囊肿应与气胸鉴别。肺囊肿位于肺实质内， 肺尖、肺底及肋膈角部位可见含气肺组织影， 而气胸其气体位于胸膜腔， 受挤压的肺组织被推向肺门， 胸片有助于区别。
7、先天性膈疝: 好发于左侧， 临床亦以呼吸窘迫为主要表现， 钡剂造影有助于与多发性肺囊肿相鉴别。
8、肺癌:发病年龄大， CT 上球形病变密度较囊肿高而不均匀， 常有分叶， 边缘有短细毛刺。