1.韦格内肉芽肿 也是小血管坏死性炎症，多有鼻、鼻旁窦、肺、肾损害。鉴别点在于韦格内肉芽肿病有肉芽肿形成。血清C-ANCA阳性，抗PR3阳性。
2.古德帕斯丘(Goodpasture)综合征 症状与MPA相似均有肺出血和急进性肾炎，但血中可找到抗基底膜抗体，肾病理免疫荧光有特征性肾小球基底膜线性IgG、C3沉着。
3.经典型结节性多动脉炎 经典型多侵犯中等动脉及其分支处，而后者累及小动脉及小静脉，特点是中小动脉坏死性、非肉芽肿性血管炎，肾小球肾炎是经典型结节性多动脉炎与微型多发性动脉炎两者的主要鉴别点，如中等动脉及小动脉同时受累，即称为结节性动脉炎重叠综合征。两病的临床表现及预后不同。