新月体肾炎的诊断依赖肾活检。肾活检显示50%以上的肾小球有细胞性或细胞纤维性新月体时，即可诊断新月体肾炎。临床表现为急进性肾炎综合征者，应及早行肾活检、确定是否为新月体性肾炎，并排除非新月体性肾炎造成的急性肾功能减退，如溶血性尿毒症综合症/血栓性血小板减少性紫癜、严重增生性肾小球肾炎，甚至急性间质性肾炎。还应根据肾活检病理、免疫病理及血清学特征，确定新月体肾炎类型和病因，以及疾病的可逆程度等，选择合理的治疗方法和判断预后。
(一)抗肾小球基底膜疾病
免疫病理表现为IgG呈现状或水袖状在肾小球毛细血管袢沉积，抗GBM抗体的阳性率约为87%，多见于青年男性。通常95%以上患者在肾活检时有新月体形成，新月体比例为50%-85%。
(二)免疫复合物性肾炎
免疫病理表现为免疫复合物呈颗粒状沉积在毛细血管袢和(或)系膜区，支持II型新月体肾炎的诊断;结合血清抗核抗体、抗dsDNA抗体、肝炎标记物以及补体水平，可有助于鉴别其病因。II型新月体肾炎可见于各个年龄层次，但罕见与老年人，好发于儿童和青少年患者，尤其是狼疮性肾炎、过敏性紫癜性肾炎、急性链球菌感染后肾小球肾炎、IgA肾病、I型膜增生性肾小球肾炎和致密物沉积病等。免疫复合物性疾病新月体形成的比例最低，通常<50%。
(三)ANCA相关性血管炎
免疫病理检查无或仅有少量免疫复合物沉积，ELISA法检查血清MPO-ANCA或PR3-ANCA阳性率为80%，肾脏损害通常为系统性血管炎的一部分，在我国最常见的是微型多血管炎和Wegener肉芽肿，Churg-Strauss综合征少见，少部分患者为局限于肾脏的血管炎。III型新月体肾炎多见于老年女性患者，90%患者有新月体形成，50%患者新月体比例≥50%。