小叶性肺炎多由细菌感染所致，常为多种细菌混合感染。凡能引起支气管炎的细菌几乎都能导致本病。常见的致病菌通常为口腔及上呼吸道内致病力较弱的常驻寄生菌，如肺炎链球菌、葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、流感嗜血杆菌等。某些诱因如患急性传染病、营养不良、受寒等使机体抵抗力下降，呼吸道的防御机能受损，粘液分泌增多，这些细菌即可入侵细支气管及末梢肺组织并繁殖，引起小叶性肺炎。病原菌多经呼吸道侵入肺组织，仅少数经血道引起本病。某些因大手术、心力衰竭等长期卧床的病人，由于肺部血液循环缓慢，产生肺淤血、水肿，加之血液本身的重力作用，使侵入的致病菌易于繁殖，导致坠积性肺炎（hypostatic pneumonia）。全身麻醉、昏迷病人及某些溺水者或胎儿由于某些原因发生宫内呼吸等，常误将分泌物、呕吐物等吸入肺内，引起吸入性肺炎（aspiration pneumonia）。这两种肺炎亦属于小叶性肺炎。