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阴道横隔系胚胎期由泌尿生殖窦——阴道球向头端增生增长演变而成的阴道板,自下而上腔道化时受阻,阴道横隔未贯通或未完全腔化所致。常发生于阴道上、中1/3交界处,但亦发生于阴道任何部位,直到阴道顶端,接近宫颈。可能因两侧副中肾管尾端与尿生殖窦相接处未被贯通所致。阴道横隔多位于阴道上中1/3交界处,也有发生在其他部位者。完全性横隔少见可致阴道闭锁;通常在隔中央或侧方有小孔,其大小不一,影响阴道液与经血排放。