1.中毒性巨结肠 是严重并发症。见于急性暴发型溃疡性结肠炎及急性重症型病人。其发生率约2%，常在服用可待因、苯乙哌啶以及阿托品等抗胆碱能药物或服用泻剂如蓖麻油后诱发，也可在对急性期或腹泻严重病人行钡剂灌肠检查时诱发。扩张结肠多在横结肠和脾曲。病人出现间歇性高热，精神萎糜呈重症中毒状态，腹部很快膨隆，有压痛，肠鸣音减弱或消失。由于结肠快速扩张，肠壁变薄，血运障碍，易发生肠坏死穿孔，病死率极高，可达30%～50%。
2.结肠穿孔 多在中毒性巨结肠扩张基础上发生。穿孔后导致弥漫性腹膜炎或局限性脓肿，穿孔部位多在乙状结肠或结肠脾曲处。患者多出现高热及感染中毒症状，腹胀、左侧腹部广泛肌紧张。X线透视或平片检查膈下常有游离气体。
3.下消化道出血 直肠、结肠可广泛渗血，绝大多数表现为血便、脓血便。国内统计2077例的下消化道出血病例中，溃疡性结肠炎占8.3%，有时少数病例(约占4%)可出现下消化道反复大出血，1次出血量很多，可达数千毫升，甚至出现休克，需紧急手术治疗。
4.直肠和结肠绞窄，是晚期并发症，但很少造成肠梗阻。
5.内瘘 肠腔与肠腔或肠腔与其他空腔脏器(如膀胱、阴道等)互相粘连，形成内瘘;肠腔与皮肤相通形成外瘘，虽较少，但偶有发生。
6.肛门及肛周疾病 如肛裂、直肠周围脓肿、肛瘘、痔脱出等。
7.其他系统并发症 如非特异性关节炎、结节性红斑、坏疽性脓皮病、虹膜炎、虹膜睫状体炎、角膜炎、口炎及腮腺炎，以及脂肪肝、小胆管周围炎等。