1.病原治疗
阴沟肠杆菌既产生超广谱β—内酰胺酶(ESBLs酶)，又产生染色体头孢菌素酶(AmpC酶)，故耐药情况严重。阴沟肠杆菌对阿莫西林、头孢呋辛的敏感率较低，对氨曲南、头孢噻肟、环丙沙星、他唑西林和阿米卡星的敏感率也不高。在治疗阴沟肠杆菌感染时，应根据药敏试验结果筛选合理的治疗方案，避免滥用抗生素。
(1)如阴沟肠杆菌产生ESBLs，则首选碳青霉烯类抗生素如亚胺培南，复合制剂如头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/三唑巴坦钠等和头霉素类抗生素也可选用，但需加大剂量，喹诺酮类抗生素如应根据各地的药敏情况来选用。
(2)如果阴沟肠杆菌产生AmpC酶，可选用碳青霉烯类抗生素如亚胺培南和第四代头孢菌素如头孢吡肟、头孢匹罗。
(3)如果阴沟肠杆菌同时产生上述两种酶，则应选用碳青霉烯类抗生素进行治疗。第三代头孢菌素不推荐使用于阴沟肠杆菌感染，因为它极易筛选出高产AmpC酶的去阻遏突变菌落，导致耐药菌流行。
2.对症治疗
卧床休息，加强营养，补充适量维生素。加强护理，尤其是口腔的护理。维持水、电解质及酸碱平衡，监测心、肺、肾功能等。必要时给予输血、血浆、人血白蛋白(白蛋白)和人血丙种球蛋白(丙种球蛋白)，还需积极治疗原发病。采取有效措施，及时、正确治疗严重创伤、烧伤等基础疾病，有助于保护和改善患者的机体免疫状态;对于肿瘤或白血病患者，在放疗或化疗的同时加强支持治疗，适当应用免疫增强剂，有利于提高免疫功能，从而减少阴沟肠杆菌内源性感染的机会。高热时可给予物理降温，烦躁者给予镇静剂等。中毒症状严重、出现感染性休克及DIC者，在有效的抗菌药物治疗同时可给予短期(3～5天)肾上腺皮质激素治疗。防治各种并发症和合并症。